Pour perfectionner l'Histoire des Deux Indes, Raynal se met à voyager et visite les places de commerce de France, la Hollande et l'Angleterre.
En 1780, de retour de ses voyages, Raynal publie à Genève une nouvelle édition, corrigée, de l'Histoire des Deux Indes. Une telle attaque contre le commerce et l’autorité ne pouvait laisser indifférente la Sorbonne, qui déclarait l’ouvrage "abominable", et le qualifiait de "délire d'une âme scélérate, qu'on ne pouvait assez condamner, détester, exécrer". Le 21 mars 1781, le livre fut condamné par le Parlement de Paris à être brûlé de la main du bourreau, en même temps que l'auteur était décrété de prise de corps. Mais le même Parlement fit avertir Raynal, qui eut ainsi le temps de préparer sa fuite. Il se réfugia à Spa, puis parcourut l'Allemagne, alla à Berlin, où il fut reçu par Frédéric II, puis à Saint-Petersbourg, où Catherine II lui offrit l'hospitalité.
Il rentra en France en 1787 et s'installa à Toulon. Raynal jouit alors d’une grande popularité auprès des esprits éclairés. Un obscur officier d’artillerie d’origine corse (de Buonaparte) lui écrit même, fin 1789, début 1790, de longues lettres sur son pays.
De même, ledit officier dédie à l’abbé Raynal, vers la même époque, une dissertation « sur la question proposée par l’académie de Lyon : Quelles vérités et quels sentiments importe-t-il le plus d’inculquer aux hommes pour leur bonheur ? »
On y lit :

"Illustre Raynal, si dans le courant d’une vie agitée par les préjugés et les grands que tu as démasqués, tu fus toujours constant et inébranlable dans ton zèle pour l’humanité souffrante et opprimée, daigne aujourd'hui, du milieu des applaudissements d’un peuple immense qui, appelé par toi à la liberté, t’en fait le premier hommage, daigne sourire aux efforts d’un zélé disciple dont tu voulus quelquefois encourager les essais. (...)"

On voit par là à quel point de popularité et de reconnaissance Raynal était arrivé, et comme ses idées avaient trouvé un écho dans la partie instruite de la population.

Les excès de la Révolution
Le 31 mai 1791, Raynal adressa à l'Assemblée nationale une longue lettre dans laquelle il condamnait les excès de la Révolution. Mais cette mercuriale n'eut pas l'effet que son auteur se flattait d'obtenir, et Raynal fut qualifié d'homme affaibli par l'âge, et il fut copieusement insulté dans les feuilles révolutionnaires. Il tomba dès lors dans un total discrédit.

L'abbé Raynal est mort le 6 mars 1796 à Passy, à l'âge de 84 ans.