Le capitaine Mercer, de l'artillerie britannique, raconte que le lendemain de la bataille les blessés qui entouraient sa batterie suppliaient pour avoir de l'eau. Mes hommes, écrit-il, avaient découvert un bon puits d'eau non polluée à Hougoumont et en remplissaient leurs bidons. Je pus donc me faire accompagner par plusieurs d'entre eux pour soulager les nécessiteux de notre voisinage. Rien ne peut surpasser leur gratitude et les bénédictions ferventes qu'ils répandaient sur nous pour ce secours momentané.

Mais le puits de Hougoumont fut désaffecté, victime d'une pratique (certains disent d'une légende) dont Victor Hugo, dans les Misérables, s'était fait l'écho :
Beaucoup burent là leur dernière gorgée. Ce puits, où burent tant de morts, devait mourir lui aussi.
Après l'action, on eut une hâte, enterrer les cadavres. La mort a une façon à elle de harceler la victoire, et elle fait suivre la gloire par la peste. Le typhus est une annexe du triomphe. Ce puits était profond, on en fit un sépulcre. On y jeta trois cents morts. Peut-être avec trop d'empressement. Tous étaient-ils morts ? la légende dit non. Il parait que, la nuit qui suivit l'ensevelissement, on entendit sortir du puits des voix faibles qui appelaient.
Ce puits est isolé au milieu de la cour. Trois murs mi-partis pierre et brique, repliés comme les feuilles d'un paravent et simulant une tourelle carrée, l'entourent de trois cotés. Le quatrième coté est ouvert. C'est par là qu'on puisait l'eau. Le mur du fond a une façon d'œil-de-bœuf informe, peut-être un trou d'obus. Cette tourelle avait un plafond dont il ne reste que les poutres. La ferrure de soutènement du mur de droite dessine une croix. On se penche, et l'œil se perd dans un profond cylindre de brique qu'emplit un entassement de ténèbres. Tout autour du puits, le bas des murs disparaît dans les orties.
Ce puits n'a point pour devanture la large dalle bleue qui sert de tablier à tous les puits de Belgique. La dalle bleue y est remplacée par une traverse à laquelle s'appuient cinq ou six difformes tronçons de bois noueux et ankylosés qui ressemblent à de grands ossements. Il n'a plus ni seau, ni chaîne, ni poulie ; mais il a encore la cuvette de pierre qui servait de déversoir. L'eau des pluies s'y amasse, et de temps en temps un oiseau des forêts voisines vient y boire et s'envole.

Sur des dessins anciens, et sur des lithographies faites dans les années 1830, 1840, on voit que le puits est encore intact, avec sa superstructure complète. Lorsque Victor Hugo visite Hougoumont en 1861, il ne reste plus que les poutres de la toiture. Les photos prises depuis la fin du XIXe siècle nous permettent de suivre le processus de dégradation. Aujourd'hui, la margelle a atteint le niveau du sol.

Des recherches effectuées sous la direction de D.P. Saunders permirent en 1982 de retirer les débris qui se trouvaient au fond du puits, situé à 15 mètres de profondeur. Pas d'ossements humains, mais le squelette d'un cheval, des moellons et des pierres provenant de l'ancien chateau, des ustensiles de cuisine, etc...

Néanmoins, ceci ne prouve pas qu'il n'y ait pas eu de cadavres jetés dans le puits après la bataille. Cette pratique était très courante en temps de guerre, et le puits a pu être nettoyé peu de temps après la bataille.