La 3e demi-brigade a été formée lors du second amalgame (loi du 18 nivôse an IV-7 janvier 1796) des 91e et 127e demi-brigades (de premier amalgame).

La 91e demi-brigade avait été formée elle-même des unités suivantes :
- 1er bataillon du 46e régiment d’infanterie ;
- 1er bataillon du Jura ;
- 1er bataillon de l’Ain ;

La 127e demi-brigade avait été formée elle-même des unités suivantes :
- 1er bataillon du 68e régiment ;
- 2e bataillon du Haut-Rhin ;
- 3e bataillon de la Haute-Marne ;

D'après l'Emplacement des troupes de la République française à l'époque du 1er fructidor an 9, la 3e demi-brigade d'infanterie de ligne se trouvait alors à l'armée d'observation du Midi. (Voir Armée française en fructidor an 9).

D'après l'Etat militaire de l'an X (1802), la 3e Demi-brigade était à Lucques, armée d’observation du midi.

D'après l'Etat militaire de l'an XII (1803), la 3e Demi-brigade était au camp de Bayonne.
Colonel : Mouton. (Voir Armée française 1803.)

L’arrêté du 1er vendémiaire an XII (24 septembre 1803) rétablit la dénomination de régiment d’infanterie.

En 1804, le 3e régiment d'infanterie de ligne est à Ambleteuse, son colonel est Mouton.