Lors de la deuxième conquête de la Belgique par les armées françaises en 1794, Pradt se réfugie à Hambourg où il s’occupa de menées et de publications contre-révolutionnaires : il publie une « Biographie des hommes de la Révolution », « l’Antidote au Congrès de Rastadt », « la Prusse et sa neutralité » (1800, 3 vol.). Il collabore également au « Spectateur du Nord » de Baudus.

Il rentre en France au commencement de 1802, et grâce à l’appui de son cousin Duroc, il parvient à se faire nommer aumônier du Premier Consul Bonaparte. Lorsque ce dernier se fait sacrer empereur, il nomme l’abbé de Pradt évêque de Poitiers et baron de l’Empire. Pradt accompagne l’Empereur en Italie en 1805, et jouit dès lors de la plus haute faveur, étant admis dans tous les secrets de la politique impériale.

En 1808, il est nommé archevêque de Malines et grand officier de la Légion d’Honneur. Il joue un rôle important dans les démêlés entre l’Empereur et le pape en 1811, et tente de négocier un raccommodement.

En 1812, Napoléon confie à de Pradt la charge d’ambassadeur à Varsovie.

Rentré à Malines au début de 1813, Pradt accourt à Paris à l’approche des troupes coalisées, et se met en rapport avec les cercles royalistes. Acquis à la Restauration, il est, au retour du roi, nommé grand chancelier de la Légion d’Honneur. Après Waterloo, il fait paraître l’« Histoire de l’ambassade dans le Grand duché de Varsovie », ouvrage qui connaît un grand succès, et auquel Napoléon consacra des notes à Sainte-Hélène.

Pradt entame alors une curieuse reconversion politique, puisqu’on le voit professer sous la seconde Restauration des principes libéraux et constitutionnels, au point d’être déféré à la Cour d’assises en 1820. En 1827, il est élu député du Puy de Dôme, et va siéger aux côtés du général Foy et de Benjamin Constant. Démissionnaire en 1829, il se retire à sa terre de Breuil. Il meurt à Paris le 18 mars 1837, en désavouant « tout ce que sa conduite et ses écrits avaient pu avoir de contraire à l’enseignement et à la discipline de l’Eglise ».